Życie zawodowe dr Barbary Werner było związane z chirurgią i kardiochirurgią. Edukację medyczną rozpoczęła w czasie drugiej wojny światowej w Szkole Zaorskiego, konspiracyjnym Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego.

Po wojnie ukończyła studia medyczne, odbyła staż w szpitalu w Płońsku, a następnie rozpoczęła pracę w oddziale chirurgicznym Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc kierowanym przez prof. Leona Manteuffela-Szoege. Była jedną z pierwszych kobiet kardiochirurgów w Polsce. Uczestniczyła w wielu pionierskich operacjach kardiochirurgicznych. Obroniła pracę doktorską na temat kardiochirurgicznego leczenia ubytków przegrody międzyprzedsionkowej. Ściśle współpracowała z prof. Wacławem Sitkowskim. Pełniła funkcję zastępcy ordynatora oddziału chirurgii w Szpitalu Wolskim, a następnie zastępcy kierownika II Kliniki Kardiochirurgii w Instytucie Kardiologii w Warszawie. Była członkinią Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego, w którego życiu aktywnie uczestniczyła.

Zapisała się piękną kartą wojenną. Była żołnierzem Armii Krajowej batalionu „Zośka” psedonim "Basia", sanitariuszką 2. Kompanii Rudy. Brała udział w pierwszej akcji Batalionu o kryptonimie „Wilanów" jesienią 1943 r.  Uczestniczyła w Powstaniu Warszawskim jako łączniczka legendarnego Andrzeja Romockiego „Morro”. Brała udział w walkach na Woli i Starym Mieście w szeregach Pułku "Broda 53", Zgrupowania AK "Radosław”. Została ciężko ranna 19 sierpnia 1944 roku. Leczona w szpitalu przy ul. Miodowej cudem ocalała ze zbombardowanego szpitala powstańczego. Za zasługi wojenne została odznaczona 9 września 1944 r. Krzyżem Walecznych a w 2021 r. przez Prezydenta RP Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. Otrzymała także Medal „Godnemu Chwały” – Digno Laude przyznawany przez Towarzystwo Lekarskie Warszawskie i Związek Powstańców Warszawskich Żołnierzom Powstańczych Służb Sanitarnych za wybitne męstwo i poświęcenie.